Герой фильма — полковник Алексей Ботян, человек необыкновенной судьбы. Его биография уникальна и не имеет аналогов в истории не только российских, но и мировых спецслужб. Коллеги Ботяна считают, что всю жизнь он был везунчиком — он выживал там, где другие не выживают.
В начале войны Ботян, который прекрасно знал польский, немецкий и белорусский языки, попал в 4-е управление НКВД под руководством Павла Судоплатова. Он участвовал в нескольких десятках блестящих операций, многими из которых руководил. Эти операции вошли в учебники разведывательных служб. В фильме «Подлинная история майора Вихря» рассказывается о нескольких из них, рассекреченных специально для этого фильма.